Dans ses premiers temps, les villages autour de la Bernerie ne sont que des écarts de la paroisse-mère, Les Moutiers-en-Retz. Dès le xvie siècle, le village de La Bernerie devint prospère grâce à son port de pêche et ses chantiers navals. Dans ces chantiers étaient construites la plupart des chattes de la Baie (bateaux inspirés des anciens navires vikings, sans proue ni poupe et à fonds plats, idéal pour le Marais breton au sud). Les étiers (grands fossés dans les marais) étant très étroits, lorsque les chattes arrivaient au bout, elles ne pouvaient faire demi-tour. Alors les pêcheurs enlevaient le gouvernail de l'arrière pour l'installer à l'avant et ainsi, repartir dans l'autre sens. Les chattes étant construites et réparées à La Jaginière, on les transportait sur des billes de bois de l'atelier au port et inversement. Une rue de La Bernerie rappelle cette époque, c'est la rue de la Montée à la Chatte. Ces embarcations firent de La Bernerie « le point le plus important du Comté nantais pour le commerce maritime et la pêche », comme l'affirmait l'intendant Louis Béchameil de Nointelen 1688. Le village, auparavant dépendant des Moutiers-en-Retz, devint commune autonome le 23 mars 1863. L'histoire raconte que les élus berneriens devaient emprunter le petit pont du Port Royal (aujourd'hui disparu) pour se rendre aux séances du conseil municipal des Moutiers. Un jour, un conseiller qui passait sur le pont, avec ses dossiers sous le bras, tomba à l'eau. À la suite de cet incident, La Bernerie aurait demandé son indépendance. La réalité est plus prosaïque, ou démographique : le village, qui n'a eu sa première chapelle qu'au xviie siècle, a cru en importance, au point de devenir paroisse dès 1840. La Bernerie par son poids démographique en imposait aux Moutiers, où se succédaient les maires berneriens qui demandaient le transfert de la mairie chez eux : la rupture était devenue inévitable. Après une renommée faite grâce à la découverte de sources ferrugineuses, la commune vit ses curistes se transformer en baigneurs. L'une des sources, aujourd'hui disparue, se trouvait au lieu-dit La Beltière. On peut voir l'autre en se promenant entre la plage Maxence et la plage de la Rinais, elle n'est malheureusement plus en activité. Vers le milieu du xixe siècle, de riches Nantais firent de la Côte de Jade leur lieu de villégiature. Jean-Simon Voruz, grand industriel nantais (fonderie), édifia une villa au bord de la falaise, à Roche-Grise, près de Crève-Cœur. En 1875, la ligne ferroviaire Nantes-Pornic fut ouverte. Et à partir de ce moment-là, la commune deviendra l'une des stations balnéaires les plus fréquentées de la côte, station balnéaire qualifiée de familiale. La Bernerie essuya un bombardement naval, pendant la dernière guerre mondiale. La Bernerie est renommé La Bernerie-en-Retz le 6 décembre 1949.
